該廟始自清末時期，有墾民攜帶二尊佛祖金身經八通關達本鄉境，二金身分別為水尾（今瑞穗）及光復庄民迎請而去，此二尊佛祖今分別置於光復保安寺及瑞穗青蓮寺。二尊神像原奉祀於陳火爐家中，後因祭拜不便，乃由社蕃頭目及李用山、李福山等人，合力建簡廟於天主堂正門前側，名為帝君廟。日治末期，因皇民化運動廟宇被拆神像遭毀，日本人並在原廟址蓋了神社。光復後，遂由李義安、廖景東等人之奔走，購原神社右側原住民之土地建廟。民國58年（1969）興建，民國61年（1972）完工，並更名為協天宮。富田協天宮位於阿美族的太巴塱聚落，前身為日本時期的太巴塱神社。早在日本治臺前期，因當地居民聽聞把馬太鞍社的佛祖傳奇，原也想將佛祖請回太巴塱社，但因當地村民不肯，太巴塱社官署為平息紛爭，便伐木請雕刻師雕刻關聖帝君、文昌帝君神像髹漆交付當地原住民，大家歡喜地將兩神尊迎回太巴塱社，但金身卻毀於日本時期的皇民化運動中。至今，廟中雖不見日本神社遺跡，但可見台灣信仰的關聖帝君等神祇，在右側殿還可見原日本神社所祭祀的日本神明，相當有趣。