碧蓮寺的前身為大正3年（1914）8月所興建的豐田神社。1958年遭溫妮颱風吹垮，神社為日人信仰中心，為表示對神祉無上的尊敬，日人選擇興建神社的地方，不是在高地就是在山上，而豐田神社會興建於平地，據稱此地為豐田平地最高處，且神社大殿剛好可面向正東方，每當太陽升起第一道光芒就直接照向神社脊頂，民間習俗稱為吉地，由此看來當時日人選擇此地當作豐田神社，可是有盛重的考量因素。原神社建築雖已不復在，但是園區內的開村記念碑、石狗、石燈、老樹等遺蹟，多多少少也能讓我們感受到些許神社的氣息，豐田神社雖已轉變成碧蓮寺，然而唯一不變的是，此地仍舊是豐田三村村民共同的信仰中心。民國50年（1961）5月間，地方人士發起興建新廟計畫，公推地方善士林雲堆先生為籌建委員會主委，黎阿賢先生等熱心人士九人為委員，並以羅東東山寺為參考式樣，於民國50年（1961）8月1日動工建造大殿，民國51年（1962）3月中旬完工。民國57年（1968）4月8日，恭迎觀世音菩薩、彌勒佛、地母娘娘、天上聖母、五穀先帝、中壇元帥等，諸神進廟登殿。漢人在花蓮的發展，不若西部有著數百年的步幅，留至今日之寺廟，更鮮少有百年者，或許花蓮的寺廟不若西部眾多寺廟古老，卻指出了花蓮人文空間發展的若干特徵，而這些特徵也是花蓮未來人文發展的重點。